DNA Metilasyonu Nedir?
• Gen
ifadesini değiştirerek hücre fonksiyonlarını
değiştiren,
• bir metil
grubunun kovalent şekilde DNA
metiltransferaz (DNMT) katalizinde,
• bir CpG
dinükleotidindeki Sitozinin 5-karbonundan yapıya eklenmesini ifade eden,
• epigenetik
(gen ifadesindeki değişikliklerin, DNA sekansıyla bağlantı göstermeksizin, hücre bölünmesi boyunca bir
nesilden diğerine geçebilmesi) bir olaydır.
• DNA metilasyonu, insanlarda ve pek çok memelide
bilinen tek doğal DNA modifikasyonudur ve yalnızca Guanozin (G) tarafından
takip edilen Sitozin (C) bazını etkiler. Böylelikle, bu organizmalarda, DNA
metilasyonu yalnızca CpG alanlarında gözlenir.
*Kanserde, transkripsiyon başlangıç
bölgesindeki normal olmayan metilasyon tümör süprasör genlerin (p16, VHL, Rb…
gibi) ifadesini baskılayabilir.
DNA’nın
metilasyon statüsünü belirlemek için sodium
bisulfite treatment yöntemi gold standart olarak kabul edilmektedir. Hem
kolay hem de efektif bir yöntemdir. Bu yöntemle DNA’daki metillenmemiş tüm
sitozinleri, kimyasal reaksiyonla Uracil’e çevrilir. DNA’daki metillenmiş olan
sitozinler reaksiyon süresince değişmeden kalır. Dönüşüm işlemi bittikten sonra
DNA PCR ile amplifiye edilir ve sekanslama işlemi yapılarak DNA’nın metilasyon
statüsü belirlenir.
Zymo metilasyon kitleri in-column desulphonation
technology ile tek adımda denaturation ve conversion aynı tüpte yapar,
temizlenmiş ultra-pure DNA elde edilir. Kitlerin spin kolon ve filtration
plate formatları mevcuttur. Gold kit ile DNA bisülfit modifikasyonu 3
saatte, direct kit ile 4 saatte, Lightning
kit ile 1 saatte tamamlanır. Direk
kit ile direk numuneden (hücre, kan, doku FFPE doku) metilasyon yapmak
mümkündür.
